============================================================================== === Jmol === ============================================================================== Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones, con prestaciones para compuestos químicos, cristales, materiales y biomoléculas. ============================================================================== Jmol es un visor de moléculas y un editor; es de código abierto y está escrito en Java. Toda la información está disponible en http://www.jmol.org/ Las preguntas o comentarios relativos a su uso deben enviarse a jmol-users@lists.sourceforge.net (en inglés) Las preguntas, comentarios y sugerencias relativos a su desarrollo deben enviarse a jmol-developers@lists.sf.net (en inglés) Lista de archivos incluidos: -------------------- == Archivos con información == === LEAME.txt === Este archivo. === README.txt === La versión en inglés de LEAME.txt === COPYRIGHT.txt === Información sobre los derechos de copia relativos a Jmol y a sus componentes de terceros. === LICENSE.txt === Los términos de uso y distribución de Jmol (licencia GNU LGPL). === CHANGES.txt === Una lista histórica con las prestaciones añadidas en cada versión de Jmol. == Archivos por lotes == Estos archivos pueden usarse para iniciar la aplicación Jmol desde una consola de instrucciones ("línea de comandos") y, en particular, para forzar una cierta combinación de parámetros (véase http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application#Command_line_options). === jmol === (Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol.) === jmol.bat === Archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol en Windows. === jmol.mac === (Un tipo de archivo por lotes para iniciar la aplicación Jmol.) === jmol.sh === Un archivo de instrucciones para iniciar la aplicación Jmol en sistemas de tipo Unix, por ejemplo Linux, BSD, Solaris o Cygwin para Windows. == Archivos de la aplicación Jmol == Ésta se usa como un programa autónomo. === Jmol.jar === El archivo ejecutable de la aplicación Jmol (un programa escrito en Java). Funciona como cualquier otro programa: se abre en su propia ventana, se puede redimensionar o minimizar, se puede arrastrar y soltar archivos sobre él, tiene una barra superior de menú, puede abrir y grabar archivos, etc. Puede ejecutarse desde la línea de comandos (particularmente, usando los archivos por lotes que se describen más arriba) pero, si Java está correctamente configurado en tu sistema, normalmente basta con hacer doble clic en este archivo. (Para obtener más información, consulte http://wiki.jmol.org/index.php/Jmol_Application#Starting_Jmol_Application ). === JmolData.jar === Esta es una versión reducida de Jmol.jar que carece de las capacidades de visualización. De algún modo, contradice así el concepto (clásico) de lo que es jmol, pero con JmolData y algunas instrucciones bien diseñadas es posible obtener casi cualquier información de un modelo y exponerla del modo que se quiera. Funciona sólo desde la "línea de comandos" y está diseñada para extraer datos de un modelo o grupo de ellos. Sólo pueden usarse instrucciones que no tengan relación con la visualización: hay enlaces pero no "varillas", átomos pero no "esferas de puntos", hélices pero no "esquemáticos". == Archivos de la miniaplicación Jmol == Ésta se usa como parte de páginas web. === Jmol.js === Ésta es la bilioteca de funciones, escrita en el lenguaje JavaScript, que ayuda en la preparación de páginas web que usen la miniaplicación Jmol sin necesidad de conocer y escribir código detallado específico para la miniaplicación. Esta biblioteca usa por defecto la versión subdividida de la miniaplicación (firmada o no). Está documentada en detalle en http://jmol.org/jslibrary/ === JmolApplet0.jar y JmolApplet0(diversosSufijos).jar === Ésta es la miniaplicación, es decir, una versión del programa que sólo funciona cuando se incluye dentro de una página web. La miniaplicación se divide en varios trozos de acuerdo con su funcionalidad, de modo que si una página no precisa determinado componente, éste no se descargará desde el servidor. Aun así, se recomienda que pongas todos los archivos JmolApplet0*.jar en el servidor, incluso si tus páginas no usan sus prestaciones, pues tanto el menú emergente como la consola permiten a los usuarios acceder a funciones de Jmol que tú no hayas previsto. Esta versión subdividida es la que se usa de forma predeterminada si utilizas Jmol.js (que es el método recomendado). Para ello, basta usar la forma más simple de jmolInitialize(), indicando sólo la carpeta que contiene el conjunto de archivos jar: jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar") por ejemplo, jmolInitialize(".") (si los archivos jar están en la misma carpeta que la página web) jmolInitialize("../jmol") (si los archivos jar están en una carpeta paralela, llamada 'jmol') === JmolAppletSigned0.jar y JmolAppletSigned0(diversosSufijos).jar === Una versión equivalente de la miniaplicación, pero en este caso "firmada" (un término de seguridad en Java). Esto significa que el visitante de la página web debe autorizarla para que se ejecute, pero al hacerlo conseguirá un acceso a archivos con menos restricciones. Por ejemplo, podrá acceder a archivos en cualquier parte de su ordenador y en cualquier servidor web. Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso pidiéndoles que acepten el "certificado" o que "confíen" en la miniaplicación (vea las observaciones a continuación). Debes tener esto en cuenta si decides usar JmolAppletSigned.jar. Aparte de leer archivos, Jmol no usa actualmente otras posibilidades de las miniaplicaciones firmadas, tales como acceso al portapapeles del sistema o escritura de archivos. Utiliza esta versión sólo si sabes lo que estás haciendo y has considerado las cuestiones de seguridad. Para llamar a esta versión desde Jmol.js, utiliza la forma: jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", true) o bien jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned0.jar") Observaciones: * La política de seguridad que solicita que se confíe en la miniaplicación podría no estar siempre activa en los sistemas de los usuarios. * El mensaje solicitando permiso se mostrará para cada uno de los 14 o más archivos jar que se pueden cargar. * El usuario puede tener la posibilidad de confiar en la miniaplicación de forma permanente y así evitar dar permiso cada vez que visite una página que utiliza Jmol. === JmolApplet.jar === Se trata en este caso de la miniaplicación en forma de un archivo "todo en uno" o "monolítico", que se mantiene principalmente por compatibilidad con páginas antiguas que lo invoquen explícitamente. Este archivo único es equivalente al conjunto de todos los archivos JmolApplet0*.jar, explicados más arriba. El método recomendado es el uso de la versión subdividida (JmolApplet0.jar etc.). En particular, Jmol.js utiliza de forma predeterminada la versión subdividida. Te puede interesar utilizar este archivo si quieres mantener sencillo tu sitio web, o si sólo quieres actualizar un archivo jar cuando lleguen versiones nuevas de Jmol. Sin embargo, este Jmol se cargará algo más lentamente que las versiones subdivididas (descritas arriba), puesto que es preciso que se descarguen al equipo del usuario todos los módulos (2 MB en total), sean o no necesarios, antes de que se pueda mostrar una estructura. Para llamar a JmolApplet.jar desde Jmol.js: a) ponlo en la misma carpeta que contiene la página HTML que lo requiere y no uses jmolInitialize() o bien b) identifícalo explícitamente en jmolInitialize(), por ejemplo: jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolApplet.jar") === JmolAppletSigned.jar === Una versión equivalente de la miniaplicación monolítica, pero en este caso es una miniaplicación "firmada" (terminología de seguridad en el lenguaje Java). Esto significa que para ejecutarse debe previamente ser autorizada por el usuario visitante de la página web y, de ser así, habrá menos restricciones de seguridad para el acceso a archivos. Por ejemplo, podrá acceder a archivos en cualquier parte del ordenador del usuario y en cualquier otro servidor web. Habitualmente, los usuarios recibirán un aviso prguntándoles si quieren "aceptar el certificado" o si "confían" en la miniaplicación; sin embargo, esta prestación de seguridad no siempre está activada. Si decides usar JmolAppletSigned.jar, debes tener esto en cuenta. Aparte de la lectura de archivos, Jmol no utiliza ninguna otra capacidad propia de las miniaplicaciones firmadas, como acceder al portapapeles del sistema o grabar archivos. Utiliza la miniaplicación firmada sólo si sabes lo que estás haciendo y has tenido en cuenta las cuestiones de seguridad. Para llamar a JmolAppletSigned.jar desde Jmol.js: jmolInitialize("carpeta-que-contiene-los-archivos-jar", "JmolAppletSigned.jar") === JmolSmilesApplet.jar === Este archivo no se incluya actualmente en el paquete de distribución, pero puede obtenerse del sitio de desarrollo. Se trata de una miniaplicación liviana, sin una interfaz visible, que permite verificar códigos SMILES. Esto es especialmente útil para comparar estereoquímica, por ejemplo con estructuras dibujadas usando la miniaplicación JME. La misma funcionalidad está incluida en la miniaplicación normal JmolApplet. == Notas == Teniendo en cuenta las descripciones anteriores, observarás que el paquete de distribución de Jmol contiene 4 copias completas de la miniaplicación (firmada or no, subdividida o no). ---------------------------